ช่วงเริ่มต้น

เกิดในเมืองเซ็ตสึ จังหวัดโอซากะ ฮนดะเริ่มต้นเล่นฟุตบอลให้กับสโมสรท้องถิ่นชื่อสโมสรฟุตบอลเซ็ตสึ ตั้งแต่อยู่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 2 หลังจากนั้นก็ได้มาเล่นให้กับทีมเยาวชนรุ่นเล็กของทีมกัมบะโอซากะ แต่ก็ไม่ได้รับเลือกไปเล่นให้กับทีมเยาวชนชุดใหญ่ หลังจากนั้นก็ได้ไปเรียนมัธยมที่โรงเรียนเซเรียว (ja:星稜高等学校) ในจังหวัดอิชิกาวะ และได้เริ่มเล่นฟุตบอลให้กับโรงเรียนนี้จนได้เป็นผู้เล่นตัวหลักที่พาโรงเรียนเซเรียว ผ่านเข้ารอบรองชนะเลิศการแข่งขันฟุตบอลมัธยมระดับประเทศ โดยเป็นตัวแทนจากอิชิกาวะทีมแรกที่ได้ผ่านเข้ารอบ และได้เป็นหนึ่งในผู้เล่นที่ถูกคัดเลือกเข้าแคมพ์พัฒนานักเตะของ J. League และ JFA ในปี 2004

นาโงยะแกรมปัสเอต

หลังจากได้รับเลือกแล้ว ฮนดะก็สามารถถูกส่งชื่อเป็นผู้เล่นของ Nagoya Grampus Eight ได้ ในขณะเดียวกันก็ยังเป็นผู้เล่นให้กับโรงเรียนของเขาด้วย เขาเคยเล่นใน J. League Cup อยู่ 1 ครั้ง ทั้งๆที่ยังเป็นนักเรียนอยู่หลังจากจบการศึกษาเขาก็ได้เข้าร่วมทีมนาโงยะอย่างเป็นทางการในปี 2005 ในนัดแรกที่ลงแข่งเขาสามารถทำ assist ได้ 1 ครั้ง ในปี 2006 เขาก็ได้เป็นส่วนหนึ่งของสโมสร

VVV-Venlo

.

หลังจากช่วยทีมนาโงยะ มาเป็นกว่า 3 ปี ฮนดะก็มีโอกาสย้ายไปค้าแข้งยังต่างแดนเป็นครั้งแรกกับสโมสร VVV-Venlo ในวันที่ 16 มกราคม 2008 โดยเขาเซ็นสัญญาเป็นเวลา 2 ปีครึ่ง และในฤดูกาลแรกของเขาบนแผ่นดินแดนกังหันลม เขาได้ลงสนามไปทั้งสิ้น 14 นัด ทำได้ 2 ประตู ซึ่งประตูแรกของเขาเกิดขึ้นในเกมที่พบกับ เฟเยนูร์ด เมื่อวันที่ 15 มีนาคม 2008 โดยเป็นลูกฟรีคิกตลอดระยะเวลาสั้นๆในทีม VVV-Venlo สื่อต่าง ๆ ในฮอลแลนด์ยกย่องให้เขาเป็น "Keiser Keisuke" หรือจอมทัพไคซูเกะ เขาได้รับการยอมรับอย่างสูงไม่ใช่แค่ในญี่ปุ่นเท่านั้น แต่ยังได้รับชื่อเสียงในฮอลแลนด์ด้วย เนื่องจากความสำเร็จของเขากับสโมสร VVV-Venlo นั่นเอง

CSKA Moscow

ปลายเดือนธันวาคมปี 2009 เขาได้ย้ายจาก VVV-Venlo ไปค้าแข้งในรัสเซียกับสโมสร CSKA Moscow[3] โดยมีค่าตัวประมาณ €6ล้านปอนด์ สัญญา 4 ปี[4]ฮนดะมีฟอร์มที่สุดยอดในเกมส์ UEFA Champions League ที่พบกับเซบิยา[5] ในเลกที่ 2 ในเมืองเซบิยา ประเทศสเปน เขาทำประตูชัยในเกมส์นี้จากการยิงฟรีคิก หลังจากเป็นผู้ช่วย Tomáš Necid ทำประตูได้ไปก่อนหน้านี้ ด้วยผลการแข่งขัน 2 ประตูต่อ 1 ทำให้ทีมผ่านทะลุเข้ารอบ ก่อนรองชนะเลิศได้สำเร็จ ทำให้เขาได้เป็นนักเตะญี่ปุ่นคนแรกที่สามารถผ่านเข้าสู่รอบ quarterfinals ได้สำเร็จและเป็นคนแรกที่ทำประตูได้ในรอบ knock-outเขาทำประตูแรกในลีก league ได้ในวันที่ 12 มีนาคม 2010 ในเกมส์เหย้าพบกับทีม Amkar Perm โดยทำประตูได้ในช่วงนาทีที่ 3 ของการต่อเวลาพิเศษ โดยการรับบอลจาก Necid แล้วยิงด้วยเท้าซ้าย ซึ่งเป็นประตูชัยให้กับ CSKA Moscow[6]